היקף התפקיד של מזכירה רפואית סובב סביב מתן תמיכה אדמיניסטרטיבית חיונית בסביבה רפואית, בהבטחת תפקוד חלק של בתי חולים, מרפאות או מתקני בריאות.
מזכירות רפואית אחראית למשימות כמו קביעת פגישות חולים, ניהול רשומות רפואיות אלקטרוניות, תמלול דוחות רפואיים ושמירה על דיוק וסדר בתיקי חולים. המזכירות מטפלת גם בתביעות רפואיות ותביעות ביטוח, תוך הקפדה על תיוק ותיעוד לצורכי החזרים.
במקביל המזכירות הרפואית מסייעת בתיאום פניות למטופלים, בתקשורת עם אנשי מקצוע בתחום ובמתן מידע למטופלים לגבי מועד פגישות, שינוי בנהלים ובכללים.
המזכירות מתעסקת במידע רגיש. למזכירה רפואית יש גישה לתיעוד הרפואי רגיש של מטופלים, מידע בריאותי זה אישי וסודי לכן עליהם לציית לתקנות פרטיות מחמירות, כגון חוק הניידות והאחריות של ביטוח הבריאות (HIPAA) וכן חוקי אבטחה נוקשים בסביבת העבודה, כדי להבטיח את סודיות נתוני המטופל.
בעבודה בתעשיית הבריאות, מזכירות רפואיות חייבות לציית לתקנות ספציפיות הקשורות לפרקטיקות רפואיות ולנהלי ביטוח. הן חייבות להישאר מעודכנות בשינויים בתקנות, קודים אתיים ולעקוב אחר מגוון הדרישות בארגון בו הן עובדות ומחברות הביטוח כדי להבטיח תיעוד ותהליכי חיוב מדויקים. לרוב תכניות הכשרה, השתלמויות וסביבה עם מודעות אבטחתית עוזרות למזכירות רפואיות באימוץ הרגלים בריאים לאבטחת המידע של המטופלים.